интересный эпидемиологический факт
Mar. 13th, 2020 11:00 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
gracheeha В Огайо губернатор объявил чрезвычайное положение. Там всего несколько случаев, но огайский отдел здравоохранения заявил, что сам факт коммунального распространения вируса (т.е. заболевшие не были в очагах эпидемии и установить источник их заражения не удаётся), говорит, что вирусом поражено не менее 1% населения. thehill.com/policy/healthcare/487329-ohio-health-official-estimates-100000-people-in-state-have-coronavirus
Модели этой эпидемии показывают максимум на период конец апреля - середину мая.
no subject
Date: 2020-03-13 03:43 pm (UTC)слышал, например, что если есть один умерший, то, скорее всего, 100 заболевших, это понятно,
но каким образом сам факт "общественной заразы" означает 1% зараженных?
а 1% от кого? от штата Охайо? от населения США? от всего мира?
100000 зараженных означает, что в следующую неделю-две в Охайо умрут 1000 или больше человек,
если не умрут, она свою шляпу съест? или хотя бы в остставку подаст?
а что меры надо принимать заранее, я согласен
no subject
Date: 2020-03-13 03:54 pm (UTC)дял того чтобы был комьюнити спрэд, нужен определенный "пул" зараженных. да, и по Огайо, и по США. без этого методом "тыка" врядли отловишь.
no subject
Date: 2020-03-13 04:00 pm (UTC)если оно основано на каких-то моделях, или прошлых эпидениях, интересно было бы посмотреть
то же самое про уже умерших, конечно, среди них может быть часть от этого висура,
вот у нас в штате Вашингтон посмертно нашли двоих, а на самом деле, может быть и больше,
но должна быть хотя бы какая-то аномалия - больше смертей, больше пневмонии, нетипичное протекание и т.д.
no subject
Date: 2020-03-13 10:13 pm (UTC)среди умерших наверняка есть пострадавшие от вируса.
Правда, в то время как тестов не хватает на живых и выраженно симптоматичных, никто не занимается тестированием посмертно. Разве что исследователи в Вашингтоне, не смотря на запреты СДС.
в том же Киркланде в рехабе за 3 недели умерло 26 человек-20% из тех кто реабилитировался в заведении. это в 4-8 раз болшьше, чем обычно.
тесты провели только на тех, кто попал в больницу в конце февраля. Вразрез с указаниями СДС...
более того, в США обычно не дигностируют вирусную пневмонию. Если у старика на фоне ХОБЛ или астмы, что-то там с легкими- могут просто выписать антибиотик на всякий случай и все. а если умер- значит, от пневмонии, ХОБЛ или астмы, а не от коронавируса. или от отказа почек- сердца. или от сепсиса. или от старости.
более того, рапортуется "наверх" все сугубо добровольно. а дальше в сдс строятся модели, и получаются цифры.
no subject
Date: 2020-03-13 10:25 pm (UTC)сейчас по крайней мере всех больных там протестировали, у всех нашли этот вирус
но да, размер был хорошо заметен еще до тестирования, "это в 4-8 раз больше, чем обычно."
есть ли такое в Охаё? если нет, зачем она болтает?
даже по моделям, я писал в другом комменте, у нас в Вашингтоне получается по разным оценкам от 1К до 16К, а никак не 80К (1% от нашего 8М населения)
она явно что-то не то прочитала или не так экстраполировала, или еще что-то
no subject
Date: 2020-03-14 12:06 am (UTC)тк тестов мало, кого тестировать, решается "триадами". если на штат 200-500 тестов, они попадают даже не в каждый госпиталь.
в 4-8 раз- это на примере 1 несчастного случая, когда вирус попал кокнретно в место, где больные и слабые.и то прошло 3 недели, пока спохватились- причем-пожарники, которые туда регулярно ездили. Не врачи, не содержатели рехаба спохватились.
случаи вполне для врачяей могут относиться к пневмонии, распространяемой в комьюнити.
https://www.drugs.com/cg/community-acquired-pneumonia.html
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4040717/
и никто не парится о причинах.
кроме того, что сам САР диагноз очень широкий, состояние еще имеет смного схожего с другими:
several conditions may mimic the clinical presentation of CAP, including congestive heart failure, lung cancer, pneumonitis, atelectasis, pleural effusion, fibrosis [File, 2001], increasing the diagnostic uncertainty. Accordingly, several studies assessing patients with CAP whose condition failed to respond to antibiotic therapy found a small group of patients, approximately 1–2%, who ultimately proved to have a noninfectious condition. Cough, dyspnea and chest pain are unspecific and may be found in several confounding clinical syndromes, not necessarily of infectious origin.
я не могу сказать про модели итд. Но чтоб врачей в США "насторожило" происходящее, это должен быть уже разгар эпидемии.
Чтоб не было передачи вируса (или другой бяки) -нужно, чтобы не болело или не могло заболеть нужен "стадный иммунитет".https://en.wikipedia.org/wiki/Herd_immunity
Для разных возбудителей сразными заразностями,в популяции должен быть разные% "невосприимчивых" и не могущих передать дальше. Если этот % меньше, будет комьюнити спрэд. Для болезней с R0 как у коронавируса, "здоровой" должна быть 85-90% популяции, чтобы не было передачи.
если комь.нити передача есть (т. е нет "стадного иммунитета")- значит, уже достаточно большое количество болеющих (болевших) и носителей.
no subject
Date: 2020-03-14 12:13 am (UTC)В Огайо - республиканская администрация и, раз "она болтает", а губернатор её поддерживает, то - либо у них есть серьёзные основания говорить вразрез с политикой партии (Республиканской), либо политика партии поменялась и теперь принято решение спасать население от ужасной инфекции и повальных смертей. И чем инфекция ужаснее, тем спасение от неё выглядит более впечатляюще.
no subject
Date: 2020-03-14 06:57 am (UTC)https://medium.com/@tomaspueyo/coronavirus-act-today-or-people-will-die-f4d3d9cd99ca
no subject
Date: 2020-03-14 01:36 pm (UTC)про это я и говорил, у него там 3 модели, по которым он полагает, что 22 умерших в нашем штате
означают, что реально случаев может быть 1) 16,000, 2) 3,000, 3) 1,100
1100, наверное, слишком консервативно-оптимистично, 3К более реально, но и 16К вполне может быть, как верхняя оценка
именно потому 110К оценка при 5 известных случаях выглядит очень странно, 1% заражений пока никгде достигнут не был. Другое дело, что еще будет, особенно если не принимать меры,
про это он тоже пишет, что, например, у нас в штате Вашингтон уже пора все закрывать, и это тоже правильно. Если Охайo хочет закрывать уже, они тоже, возможно, правы, и, надеюсь, в этом случае они никогда и не достигнут 1% зараженных в один момент
no subject
Date: 2020-03-14 07:55 pm (UTC)потому, я б умножила, и хорошо..
потому, возвращаясь к "комьюнити спред"- чтоб "отловились" такие случаи, надо, все же, чтобы был "пул" больных-носителей- приличный. потому 1% популяции- вполне может и быть. А может и больше. Но, в том месте, где есть "комьюнити спрэд". В остальных местах может тоже, но пока не задетектирвоан "комьюнити спрэд"- не известно, и можно себе позволить "верить в лучшее".
no subject
Date: 2020-03-14 08:06 pm (UTC)у нас как раз был коммунити спред, и продолжает быть, и почти везде, наверное, тоже будет,
случев может быть намного больше, , я с вами тут не спорю
но 1%, я уверен, пока нет, и уж точно не "как миминум", как она сказала
"just the fact of community spread, says that at least 1 percent, at the very least, 1 percent of our population is carrying this virus in Ohio today"
конечно, 80% имеют мало симптомов, но 4-5% нуждаются не просто в госпитализации, а в интенсивке,
с 1% зараженных этого не заметить невозможно
no subject
Date: 2020-03-15 05:31 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-13 05:33 pm (UTC)Но мы знаем разные разрозненные кусочки информации, которые указывают на то, что это - довольно аномальная штука. В частности, она похожа на SARS, поэтому естественно предполагать, что иммунитет не всегда образуется, и более того, есть потенциал для "анти-иммунитета" (antibody-dependent enhancement). Тем более, что были доклады о повторных заражениях.
Чего мы совсем не знаем, это правда ли, что повторные заражения, в среднем, протекают более тяжело, чем первичные (это было бы не удивительно, если имеет место antibody-dependent enhancement). К сожалению, решения надо принимать сейчас, а хорошее понимание всей этой динамики - это ещё не скоро произойдёт.
no subject
Date: 2020-03-13 06:14 pm (UTC)и если они считают, что надо закрыть то и отменить это и т.д., я не против,
у меня проблема с конкрентым утверждением - основано ли оно на конкретной модели или опыте, и если да, то на каком?
а то у меня подозрение, что она это прочла когда-то в книжке, но ни начала, ни середины не помнит
скажем, в учебнике по эпидемиологии задачка: "Дано: замечено, что заразились столько-то не связанных людей, за такой-то срок, на таком-то расстоянии, оценить процент реального заражения населения, необходимый, чтобы такое замеченное заражение произошло", дальше огромные выкладки, со ссылками на разные исследования и модели, и в конце ответ: "получается, что для данного (заметного) заражения необходим 1% заражения населения"
а она задачку забыла, решение никогда и не читала, помнит только ответ, и то без ключевого слова "для данного"
no subject
Date: 2020-03-13 06:27 pm (UTC)Один вопрос о том, какой там false positive rate, в этих более массовых тестах за границей, откуда произошла эта идея, что уровень зараженности настолько высок. В клиническом плане, если бы, предположим, false positive rate был бы порядка 1% - то это приемлимо, а если это в тесте призванном определить общий уровень заражения, и как раз общий уровень оказывается порядка процента, то, значит, этот массовый тест вообще не дал никакой информации...
no subject
Date: 2020-03-13 07:09 pm (UTC)например, у нас в штате я видел разные оценки,
скажем, когда умерли первые несколько человек, и официально было заражено только 30, оценки были 500-1000
(по времени, и по тому, что вроде бы генетически было определено, что все они пошли от первого зараженного в Сиэттле), потом когда было 16 смертей и 100 подтвержденных я видел оценки в 1К, 3К и 16К
все они очень условны, но хотя бы понятно, на чем основаны
сейчас вроде 470 подтвержденных (или, точнее, положительно протестированных) из 4000,
процент положительных результатов 11-13%, сколько и них false positive (и сколько еще false negative), конечно, неизвестно
интересно, что в Охайо процент примерно тот же, 14%, хотя, конечно, это очень маленькая статистика - 5 положительных из 35 тестированных
опять же, если там, вдруг, очень высокий процент, я бы ожидал, что там намного больше, чем мы видим, но если нет - то, наверное, то же самое, что и в других местах
чтобы 1% населения был заражен, я пока нигде не видел,
даже в Юхане, в эпицентре, на максимуме, кажется, было 80К из 10М, чуть меньше процента
другое дело, что если ничего не делать, то запросто будет и 1%, и 10% и, говорят, 70% - возможно, не знаю
no subject
Date: 2020-03-13 05:56 pm (UTC)От населения Огайо.
>> в следующую неделю-две в Охайо умрут 1000 или больше человек
Вот мы и посмотрим, насколько хорошо работает эта оценка. Правда, я бы дала месяц, инкубационный период + ОРЗ время + пневмония.
no subject
Date: 2020-03-13 06:01 pm (UTC)Она возьмёт пример с нашего президента, который обещал, что 15 зарегистрированных на тот момент случаев ковида через несколько дней превратятся в 5, а потом выздоровеют и те. :)
no subject
Date: 2020-03-13 06:19 pm (UTC)НО: если сейчас 130К, 18 дней назад было уже $16К, т.е. пара сотен человек на сегодняшний день должны если не умереть, то хотя бы быть в тяжелом состоянии в больнице.
столько есть?
сколько всего людей на вентиляторе во всем штате Охаё сейчас и сколько обычно бывает в это время года?
(это понятно, вопросы не к вам, а к ним)
> Она возьмёт пример с нашего президента
да, но не канает в ее случае, он - выборный политик, она - "карьерный профессионал"
но и его, скорее всего, не выберут, если вирус не уберется летом, и так ему и надо
(другое дело, что нам от Байдена лучше никак не станет, а от Сандерса даже хуже, думаю)
no subject
Date: 2020-03-15 03:10 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-15 03:30 am (UTC)я ее уже читал и даже цитировал здесь же, правда, без ссылки (по памяти), процитирую еще раз
"В штате Вашингтон сегодня 22 погибших. Используя наши приблизительные расчёты, получаем ≈16000 истинных случаев коронавируса только сегодня. ...
Если мы изучим подробности, то поймём, что 19 из этих смертей были от одного кластера, который, возможно, не распространял вирус в широких масштабах. Если рассматривать эти 19 смертей как одну, то общее число смертей в штате составит четыре — обновляя расчёты для этого числа, мы всё ещё получаем ≈3000 случаев сегодня.
Подход Тревора Бедфорда рассматривает сами вирусы и их мутации для оценки текущего числа случаев.
Вывод заключается в том, что в штате Вашингтон сейчас, скорее всего, ≈1100 случаев."
no subject
Date: 2020-03-15 03:47 am (UTC)1,100 случаев в штате Вашингтон по абсолютной величине немного; но в качестве затравки экспоненты -- страшно много. Статья именно об этом: насколько страшная штука экспонента.
no subject
Date: 2020-03-15 04:34 am (UTC)меня просто поразило в той речи "НЕ МЕНЕЕ 1% уже заражено" и что это в абсолютных цифрах >100К на один штат
сорри, если повторяюсь, но даже с экспонентой, 100К сейчас означает по крайней мере 10К больных в конце "цикла", из которых ~1-2К были госпитализированы, из которых 400-500 были в интенсивке и интубированы. (и ~100-200 из них уже умерло)
Такого не заметить никак нельзя, по крайней мере сейчас, когда все на это внимание обращают (включая ту начальницу, которая это сказала)
а что в Киркленде у нас в начале не заметили, так слишком оптимистично смотрели: "не, не может быть тот вирус, у нас только один больной был, в Китае заразившийся, он вылечился, никого не заразил, а больше никого в Китае не было"
что, как мы теперь пониамем, неправда, скорее всего, от него все и пошло,
но даже если и не от него - мало ли кто еще из Китая это заразу принес, сам симптомов не имел, потом другим передал, и дальше по экспоненте...
no subject
Date: 2020-03-15 05:36 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-15 06:20 pm (UTC)так что как раз хорошо, что добавили ссылку на статью, это я и имел ввиду
(в данном случае, не именно эту статью, но инфу про то же самое исследование)
да, поживем-увидим
no subject
Date: 2020-03-16 06:39 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-16 06:13 pm (UTC)похоже на "полупустой/полуполный стакан"
да, он использовал и математику, но не только и не столько в смысле моделей кто от кого заразился, а по количеству мутаций
его твит об этом, к сожалению, больше не доступен, вот нашел что-то
"The rate looks to be about 24 mutations per year. Coming back to the game of telephone, that’s a mistake every second or third transmission."
сравнивая геномы новых зараженных в Сиэттле с первым зараженным, который принес этот вирус из Китая, и видя насколько они близки, он пришел к выводу, что наиболее вероятно, что
новые получили вирус от старого, через пару посредников, а если бы они получили от другого китайца, то разница была бы больше, вот и все
это все никак не меняет моего отношения к начальному заявлению, что для community spread нужен КАК МИНИМУМ 1% зараженных
более того, если он не прав, и новые случаи - не результат community spread, а результат новой заразы из Китая, тогда у нас еще меньше "community spread"
https://www.fredhutch.org/en/news/center-news/2020/03/tracking-covid-19-trevor-bedford.html
no subject
Date: 2020-03-16 06:36 pm (UTC)я, допустим, считаю, что вирус может мутирвоать со скоростью 3 нуклеотида в месяц. и ИП2( 1 человек заражает двух, в среднем). Раз я в своих образцах не нашел такое количество мутаций, значит, это был 1 передатчик, ив се пошло от него, и только.
Петя считает, что вирус мутирует со скоростью 1 нуклеотид в месяц. и ИП 3. значит, может быть не один передатчик, а 3.
Коля считает, что вирус мутирует со скоростью 1 нуклеотид в 3 месяца, и ИР 5. значит передатчиков может быть 10.
к собственно генетике это мало относится.
Так что кому-то rate looks to be about 24 mutations per year, а кому-то -по другому, и это конкретно математика, а не генетика, ибо года- не прошло, и данных- маловато. У Вашингтона данные всего за месяц, и "предположения"
т. е., это- гипотезы, теории.
Большинство исследователей склоняются (пока) к мысли, что этот конкретно вирус мутирует довольно слабо, при передаче. Он довольно консервативен. Это значит, что в первом, втором, третьем поколении итд, это практически один и тот же вирус.
Так что, если он привезен несколькими людьми, заразившимися от 1-3 волны, это все равно один и тот же вирус (пока еще).
no subject
Date: 2020-03-16 06:50 pm (UTC)no subject
Date: 2020-03-17 05:42 pm (UTC)https://noqreport.com/2020/03/16/90-of-seattle-coronavirus-infections-came-from-a-single-introduction-from-china/
no subject
Date: 2020-03-17 08:59 pm (UTC)